Происходило это в ситуации когда класс и интерфейс определены в разных dll и dll были как-то сложно связаны
Почему то при этом типы Type интерфейса были разными. Не представляю, как это возможно - dll всё равно одна, и версия Assembly идентична в дебаггере
Вообщем, проверил не ссылки, а AssemblyQualifiedName